カテゴリCSVで parentId を空欄にしてインポートした場合、そのカテゴリは最上位（トップレベル）カテゴリとして扱われますか？

はい、parentId が空欄の場合、そのカテゴリはトップレベルカテゴリとして登録されます。既存カテゴリの階層だけを変更されたい場合は、カテゴリIDを変えずに parentId のみを空欄にしたCSVをインポートいただければ問題ございません。