CSVインポートを実行した場合、CSVに含まれていない既存のカテゴリやアンサーは削除されますか？

削除されません。CSVインポートは、CSVに含まれるカテゴリ・アンサーを対象に作成または更新する処理となっており、CSVに含まれていない既存カテゴリ・既存アンサーがインポートによって自動削除されることはございません。QANT画面上で手動作成されたアンサーも、CSVに含めていなければインポートでは更新・削除されません。