ステップにWebエージェントを設定すると他の要素（シナリオ・アンサー・文章）が設定できません。Webエージェントへの質問入力とシナリオ選択を同じ画面に並べることはできますか？

同じ画面に並べていただけます。Webエージェントを単独のステップとして挿入するのではなく、ポップアップのコンテンツから「Webエージェント呼び出し」を選択してください。この方法であれば、同じポップアップ内にシナリオ・アンサー・文章などの要素と並列してWebエージェントの入力欄を表示いただけます。なおWebエージェント単独のステップは、エージェントだけを全面に表示する構成向けとなっております。